1971年，为响应周恩来总理“加强对慢支炎及肺心病防治”的号召，广州医科大学附属第一医院成立了“慢支炎防治小组”(团队研究成果1978年获得全国科学大会奖)。1979年“广州呼吸疾病研究所”在此基础上成立，成为国内最早的呼吸疾病研究机构之一。2017年8月，广州市机构编制委员会同意更名为“广州呼吸健康研究院”(下简称呼研院)。2018年，呼研院获批为公益二类事业单位，业务开展为科学研究及教学培训等项目。

呼研院在领军人物钟南山院士的带领下，坚持基础研究与临床医学的紧密结合，不断开拓创新，逐步发展壮大。经过长期凝炼，呼研院逐步形成了稳定、富有特色的研究方向，集中在重大呼吸道传染病与肺损伤、支气管哮喘与慢性咳嗽、慢性阻塞性肺疾病和肺部肿瘤四个领域。其战略定位是面向国家呼吸疾病研究所的重大需求，瞄准国际呼吸疾病领域临床与基础研究的前沿，凝聚和培养一批国内外呼吸疾病相关研究领域杰出科学家的创新团队。呼研院现已建成国家呼吸医学中心、国家呼吸疾病临床医学研究中心、国家临床药物试验机构(呼吸专业)及五个国家临床重点专科(呼吸内科、重症医学、变态反应疾病学、肿瘤学和胸外科)和一个国家重点建设学科(中西医呼吸)。

呼研院依托广州医科大学附属第一医院管理，在科研工作上，呼研院先后承担国家973计划、863计划、国家“十五”、“十一五”、“十二五”重大科技攻关、国家自然科学基金重点项目、WHOGOLD委员会全球协作课题及国家教育部重点专项基金等课题。由于科研成果显著,广医一院呼研院先后获得国家科技进步奖二等奖、教育部科学技术进步奖一等奖、广东省科技进步奖一等奖等成果；近5年发表高水平SCI达264篇，其中IF>10的达50篇。

从2003年抗击非典开始，到救治H5N1、H1N1、H7N9、H5N6、MERS流感重症患者过程中，呼研院厚积薄发、勇挑大梁，用实际行动践行服务社会的承诺。2019年年底，新型冠状病毒席卷全国，给国家安全及人民生命带来了极大的危害，呼研院经过15年的积累，在国家呼吸医学中心、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心、呼吸疾病国家重点实验室等国家级平台支撑下，再次成为疫情防控救治、科研攻关的中流砥柱。2021年11月，钟南山领衔的“钟南山呼吸疾病防控创新团队”获国家科技进步奖创新团队奖，是全国唯一获得该奖项的创新团队，也是广东省首次获得该奖项。

展望未来，呼研院将依托于国家呼吸医学中心致力于打造成全国领先、世界一流的重大突发呼吸传染病防控中心、重症救治和疑难诊治中心、基础与临床相结合的转化医学中心、呼吸疾病临床研究大数据应用中心、产学研相结合的呼吸科技研发中心、呼吸疾病临床防治的人才培养基地。呼研院将继续保持全国呼吸领域的龙头地位，致力于打造六大中心，为广州市、广东省乃至全国打造一张亮丽的科技名片。